В 2000 году защитил кандидатскую диссертацию, в 2005 году – докторскую диссертацию (научный руководитель и консультант – академик РАН, профессор В.К. Гостищев).
Высшая аттестационная категория по специальности хирургия с 2010 года.
Под руководством М.А. Евсеева защищены 7 кандидатских диссертаций, получено 5 патентов РФ на изобретение.
За время работы М.А. Евсеевым в качестве автора и соавтора опубликовано более 250 научных работ, в том числе 8 практических руководств для врачей, 6 монографий, 1 учебник.
Индекс Хирша (2023 г.) – 19. В качестве главного исследователя и соисследователя М.А. Евсеев принял участие в 12 исследованиях III фазы стандарта GCP.
М.А. Евсеев с 2018 года является членом редколлегии научно-практического медицинского журнала «Лечение и профилактика», в 2013 – 2016 гг. являлся главным редактором научно-практического журнала «Хирургическая практика».
М.А. Евсеев является членом медицинских обществ:
Российское общество хирургов,
United European Gastroenterology,
American Hernia Society,
European Hernia Society,
European Society for Clinical Nutrition and Metabolism,
WHO Global Initiative on Emergency and Essential Surgical Care.